Il Museo Interreligioso nasce ufficialmente nel 2005 sulla scia dell’accordo interuniversitario del 1995 Mediterraneum, sottoscritto tra gli atenei di Bologna, Tessalonica, Tunisi, Ankara, Heidelberg, Gerusalemme, la Pontificia Università Gregoriana e l’Università Pontificia Antonianum e a seguito del quale si fece palese l’esigenza di creare uno spazio dove le culture e le religioni monoteistiche potessero incontrarsi, conoscersi e dialogare, coniugando il valore della tolleranza e del rispetto. Da allora la sede del Museo si trova all’interno delle parti più antiche della Rocca Vescovile di Bertinoro: le segrete e la cisterna, risalenti al XII secolo.